Autopure Nucleic Acid – Pengertian dan Fungsi Autopure Nucleic Acid

Autopure Nucleic Acid – Autopure nucleic acid adalah instrument yang melakukan pemurnian asam nukleat otomatis dengan mengekstraksi RNA. Pada artikel kali ini, penulis akan membahas secara luas mengenai pengertian autopure nucleic acid, fungsi autopure nucleic acid, prinsip kerja autopure nucleic acid, cara menggunakan autopure nucleic acid dan hal lainnya yang berhubungan dengan autopure nucleic acid. Untuk lebih jelasnya, yuk simak artikel berikut.

PT. Andaru Analitika Sains adalah konsultan alat laboratorium yang memiliki produk autopure nucleic acid ideal untuk laboratorium anda. Bagi anda yang membutuhkan alat autopure nucleic acid bisa menghubungi kami via whatsapp 087777277740 atau telepon 0251-7504679. Link produk autopure nucleic acid tersedia pada tautan : Nucleic Acid Purification System Autopure 32jual-alat-laboratorium-kontak-whatsapp-apm

Jika diantara anda ada yang sudah pernah menggunakan alat autopure nucleic acid dan memiliki pengetahuan lain tentang alat autopure nucleic acid ini, silahkan isi di kolom komentar ya.

mengenal alat autopure nucleic acid

Sejarah Autopure Nucleic Acid

sejarah autopure nucleic acid

Metode ekstraksi asam nukleat (RNA) adalah kunci utama untuk biologi molekuler dan sering digunakan banyak aplikasi baik dalam ilmu kedokteran maupun biologi. Asam nukleat pertama kali diekstraksi pada tahun 1869 oleh Friedrich Miescher, ketika dia mempelajari sifat kimia inti sel darah putih. Pada tahun 1953, Rosalind Franklin, James Watson, dan Francis Crick menentukan struktur asam deoksiribonukleat (DNA), memenangkan James Watson, Francis Crick, dan Maurice Wilkins (bos Rosalind Franklin dalam bidang kedokteran pada tahun 1962.

Pekerjaan mereka menunjukkan bahwa DNA terdiri dari dua untai rantai panjang molekul asam nukleat individu (disebut nukleotida) melilit satu sama lain dalam heliks. Penemuan ini membuat sangat jelas bahwa DNA adalah molekul yang sempurna untuk menyimpan, dan menyalin sejumlah besar informasi – sehingga cocok untuk menyimpan “cetak biru” untuk sel, dan karena itu bentuk kehidupan.

Kemudian pada tahun 1968, Gobind Khorana, bersama dengan Marshall W. Nirenberg dan Robert W. Holley, memenangkan Hadiah Nobel untuk menunjukkan bagaimana urutan (urutan) di mana nukleotida bergabung bersama dalam untaian asam ribonukleat (RNA) dapat diterjemahkan menjadi rantai asam amino untuk membuat protein – salah satu blok bangunan utama sel. Secara kolektif penemuan-penemuan ini, serta banyak lainnya, telah memberi kita pemahaman yang jelas tentang jenis informasi yang disimpan dalam sel, bagaimana informasi ini disalin, dan bagaimana informasi itu digunakan untuk mengarahkan pembentukan dan metabolisme makhluk hidup.

Studi lebih lanjut tentang molekul asam nukleat membentuk inti dari bidang biologi molekuler, yang memungkinkan kami menemukan sekuens DNA dan RNA terkait penyakit, termasuk yang terkait dengan kanker, penyakit genetik, dan infeksi mikroba. Biologi molekuler juga telah menjelaskan hampir setiap aspek ilmu kehidupan.

Pengertian Autopure Nucleic Acid

alat autopure nucleic acid

Autopure Nucleic Acid atau Autopure Nucleic Acid Purification System adalah instrument laboratorium yang melakukan pemurnian asam nukleat otomatis dengan mengekstraksi dan menganalisis DNA dan RNA. Alat ekstraksi RNA ini merupakan langkah pertama yang dilakukan dalam analisis biologi molekuler, penelitian klinis, genomik atau proteomik, dan analisis forensik.

Alat Autopure Nucleic Acid Purification System ini juga merupakan salah satu teknologi untuk ekstraksi dan pemurnian asam nukleat yang termasuk sistem berbasis magnetik dan pemurnian spin-column untuk memastikan pemulihan dan kemurnian asam nukleat yang cepat dan konsisten sekaligus mengurangi kesalahan pada proses standarisasi. Suatu alat sistem pemurnian asam nukleat mengadopsi teknologi pemisahan manik – manik magnetik, menggunakan pelat sumur dalam  ukuran 96 x 2.2ml dan ujung batang magnet 96 (sistem reaksi 1.000μl), pelat sumur dalam 48 x 5ml dan 24 ujung batang magnet (sistem reaksi 5.000μl) dan pelat sumur dalam 24×14ml dan 24 ujung batang magnet (sistem reaksi 10.000μl).

Dikombinasikan dengan berbagai jenis kit ekstraksi asam nukleat manik magnetik, dapat mengoperasikan 1 – 96 sampel atau 1-24 sampel secara bersamaan dan mengekstrak DNA dan RNA dengan cepat dalam waktu 30 – 60 menit. Salah satu brand autopure nucleic acid purifications yang sering direkomendasikan adalah “ALLSHENG”. Brand tersebut tersedia di salah satu konsultan alat laboratorium seperti PT. Andaru Analitika Sains.

Pengertian Asam Nukleat

ilustrasi gambar pengertian asam nukleat

Asam nukleat atau nucleic acid adalah biopolimer atau biomolekul besar yang sangat penting untuk semua bentuk kehidupan secara universal. Asam nukleat terdiri dari nukleotida, yang merupakan monomer yang terbuat dari tiga komponen yaitu gula 5-karbon, gugus fosfat, dan basa nitrogen. Dua kelas utama asam nukleat adalah asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Jika gulanya adalah ribosa, polimernya adalah RNA. Jika gulanya adalah deoksiribosa turunan ribose maka polimernya adalah DNA.

Fungsi Asam Nukleat (Nucleic Acid)

Asam nukleat atu nucleic acid merupakan senyawa kimia alami yang berfungsi sebagai molekul pembawa informasi utama dalam sel dan membentuk materi genetik. Asam nukleat ditemukan berlimpah di semua makhluk hidup, kemudia mereka akan membuat, mengkodekan, dan menyimpan informasi dari setiap sel hidup.

Selain itu, asam nukleat juga berfungsi untuk mengirimkan dan mengekspresikan informasi itu di dalam dan di luar inti sel ke operasi interior sel sampai akhirnya ke generasi berikutnya dari setiap organisme hidup. Informasi yang dikodekan terkandung dan disampaikan melalui urutan asam nukleat, yang menyediakan urutan ‘tangga-langkah’ nukleotida dalam molekul RNA dan DNA. Mereka memainkan peran yang sangat penting dalam mengarahkan sintesis protein.

Fungsi Autopure Nucleic Acid

Sesuai dengan pengertiannya, alat autopure nucleic acid purifications system digunakan untuk mengesktraksi RNA dengan cara memurnikan asam nukleat yang menjadi sampel utama. Selain itu, instrument ini juga digunakan Digunakan sebagai alat konstruksi dari sampel biologis database yang membutuhkan banyaknya jumlah genom DNA. Alat ini juga bisa digunakan digunakan untuk penelitian spesifik pada fungsi gen hewan dan tumbuhan.

Prinsip Autopure Nucleic Acid

iluustrasi gambar prinsip autopure nucleic acid

Prinsip dari alat autopure nucleic acid didasarkan pada adsorpsi panas pada membrane / manik – manik silika, kromatografi pertukaran anion, sedimentasi atau presipitasi, dan penggunaan partikel magnetik. Metode ini menghasilkan sampel asam nukleat awal dengan kemurnian dan konsentrasi yang berbeda tergantung pada sampel asli (bakteri, virus, jaringan). Karena ekstraksi asam nukleat adalah titik awal dalam beragam aplikasi hilir, kualitas asam nukleat yang tinggi dalam sampel awal merupakan faktor kunci keberhasilan langkah analisis selanjutnya.

Dengan demikian, ekstraksi asam nukleat dapat didefinisikan sebagai serangkaian langkah untuk mendapatkan sampel atau bahan asam nukleat dengan kemurnian tertentu yang bebas dari pengotor dan cocok untuk langkah aplikasi hilir yang berbeda. Nantinya, instrument ini akan menghancurkan selubung sel dan mencapai eliminasi maksimum lipid dan protein untuk mendapatkan DNA dan/atau RNA murni.

Peran Autopure Nucleic Acid Dalam Bidang Klinis

Selain digunakan dalam bidang biologi, alat autopure nucleic acid juga memiliki peran penting pada bidang klinis.  Ekstraksi asam nukleat yang dilakukan pada bidang klinis sangat berbeda dari ekstraksi isolat bakteri atau jamur. Langkah ekstraksi ini dapat mempengaruhi kinerja tes diagnostik selanjutnya, efisiensi ekstraksi asam nukleat berhubungan langsung dengan sensitivitas hasil tes akhir.

Setiap spesimen klinis memiliki karakteristik yang berbeda  beda. Seperti sampel darah dan tinja terdiri dari banyak zat, dan di antaranya terdapat heme dan empedu yang bertindak sebagai penghambat amplifikasi dan harus dibuang. Anda dapat menemukan hasil perbandingan untuk ekstraksi asam nukleat. Namun, ini tidak dapat memastikan bahwa anda dapat mengadaptasi hasil ini ke spesimen dan patogen yang berbeda.

Untuk mengatasi keterbatasan ini, metode ekstraksi harus dievaluasi sebelum pengujian rutin patogen spesifik dari spesimen spesifik. Untuk mendeteksi virus yang penting secara klinis, efisiensi ekstraksi dievaluasi dalam berbagai spesimen, termasuk serum, urin, dan cairan serebrospinal, dan kinerja yang baik telah dikonfirmasi. Namun, anda tidak boleh memperkirakan hasil spesifik ini untuk semua jenis virus dan spesimen lainnya.

Komponen Seluler

Jaringan adalah spesimen klinis yang penting untuk mendiagnosis suatu infeksi cytomegalovirus lokal pada organ yang ditransplantasikan karena biopsi adalah metode umum yang digunakan untuk mengevaluasi potensi infeksi CMV. Namun, spesimen jaringan memiliki masalah karena sejumlah besar jaringan manusia mengandung DNA seluler, protein, dan bahan lainnya. Sehingga diperlukan langkah yang lebih kompleks untuk mengekstrak asam nukleat mikroba patogen tersebut. Sebagian besar kit komersial untuk spesimen jaringan juga mengekstrak asam nukleat manusia.

Serum, Plasma dan Darah

Dokter sangat menekankan pada deteksi bakteri dan jamur dalam darah. Oleh karena itu, ekstraksi asam nukleat dari darah menjadi sangat penting. Banyak peneliti telah menemukan bahwa ada banyak inhibitor PCR dalam botol kultur darah seperti sodium polyanetholesulfonate (SPS) dan hemins . Millar dan kolaborator membandingkan beberapa metode ekstraksi komersial dan in-house yang digunakan untuk mendeteksi bakteri dan jamur dalam botol kultur darah BacT/Alert.

Untuk mempersingkat waktu deteksi digunakan serum, plasma, atau darah sebagai spesimen utama untuk deteksi bakteri dan jamur. Serum atau plasma lebih efisien dan nyaman daripada darah utuh karena darah mengandung banyak inhibitor PCR. Sebagian besar kit komersial menunjukkan tingkat pemulihan DNA patogen yang tinggi, tetapi hanya metode yang menggunakan lisis panas dengan pencucian alkali yang dapat menghilangkan inhibitor PCR. Deteksi brucellosis sangat sensitif meskipun Brucellae adalah patogen intraseluler fakultatif. Demikian pula, kit yang mengandung proteinase K menunjukkan hasil Brucella yang lebih baik dalam spesimen serum.

Namun, untuk meningkatkan sensitivitas amplifikasi PCR, darah utuh dianggap sebagai target akhir karena mengandung lebih banyak patogen daripada serum atau plasma. Meskipun kit asam nukleat tidak dikembangkan untuk mengekstrak DNA mikroba dari darah lengkap, semua kit komersial dapat melakukannya. Dalam beberapa tahun terakhir, kami telah dapat menggunakan beberapa sistem otomatis untuk mengekstrak DNA bakteri atau jamur dari seluruh darah, meskipun harganya mahal. Mereka cocok untuk deteksi throughput tinggi.

Patogen Spefisik

Ketika menggunakan spesimen klinis untuk mengekstraksi asam nukleat, anda harus menyadari bahwa pemulihan dipengaruhi oleh sifat fisik patogen. Efeknya akan lebih besar jika metode tersebut tidak memasukkan proteinase K dalam langkah lisis. Filum Apicomplexa termasuk Toksoplasma terkenal tahan terhadap lisis deterjen.

Jamur bermasalah ketika mencoba untuk mengekstraksi asam nukleat karena sulit untuk memecahkan dinding sel mereka untuk melepaskan DNA. Selain itu, tingkat deteksi pada spesimen klinis tertentu seperti darah lengkap rendah karena jumlah sel jamur yang sangat rendah. Jadi ekstraksi sekali lagi merupakan langkah penting dan dapat menentukan sensitivitas uji PCR tertentu.

Untuk memulihkan sejumlah kecil DNA jamur dari spesimen klinis, protokol harus dibuat untuk metode ekstraksi yang optimal. Kit darah QIAamp DNA berhasil mengekstraksi DNA Candida dan cocok untuk digunakan dengan uji PCR berbasis TaqMan, sedangkan semua kit lain yang diuji gagal mendeteksi jumlah DNA Candida yang rendah.

PCR Inhibitor

Ada banyak faktor yang mempengaruhi efisiensi ekstraksi asam nukleat, salah satunya adalah adanya berbagai jenis inhibitor. Telah diketahui dengan baik bahwa garam empedu, hemoglobin, dan polisakarida dapat menghambat PCR. Mungkin juga ada DNA bakteri atau jamur yang terkontaminasi dalam reagen.

Kebanyakan tes PCR dapat dipengaruhi oleh inhibitor reaksi dan kontaminan lainnya, terutama ketika berbagai spesimen klinis yang mengandung inhibitor ini digunakan sebagai sampel, dan ekstraksi asam nukleat dengan demikian menjadi langkah penting yang menentukan pengaruhnya. Dalam laporan sebelumnya , keberadaan inhibitor dikonfirmasi ketika sistem MagNA Pure Compact digunakan untuk ekstraksi asam nukleat utama.

Sensitivitas PCR menggunakan sistem MagNA Pure Compact lebih rendah daripada QIAamp DNA minikit, sehingga keberadaan inhibitor mungkin bertanggung jawab atas perbedaan sensitivitas antara kedua metode. Selain itu, kombinasi kit ekstraksi dan campuran master dapat membuat perbedaan dalam kinerja PCR dalam hal penghambatan. Anda juga harus mempertimbangkan fakta bahwa banyak DNA manusia bercampur dengan DNA patogen yang relatif jarang dalam spesimen klinis, yang berarti DNA manusia yang melimpah akan diperoleh selama ekstraksi untuk deteksi patogen.

Pengukuran Kualitas DNA

Metode klasik untuk memeriksa kemurnian DNA adalah dengan mengukur adsorpsi sinar UV pada 260 dan 280 nm. Kandungan DNA sebanding dengan adsorpsi sinar UV pada 260, dan adsorpsi pada 280 nm mencerminkan terjadinya kontaminasi pada protein. Jadi, anda dapat dengan mudah menghitung kemurnian DNA menggunakan rasio OD260 / OD280.

Dalam beberapa tahun terakhir, metode yang baru dikembangkan seperti PicoGreen telah diperkenalkan dan menjadi lebih populer di laboratorium klinis, meskipun metode spektrofotometri memang memiliki banyak keuntungan. PicroGreen didasarkan pada penggunaan fluoresensi dan hanya membutuhkan volume sampel yang sangat kecil.

Metode Yang Digunakan Pada Alat Autopure Nucleic Acid

Dalam proses analisis, autopure nucleic acid menggunakan beberapa metode yang dilakukan dalam mengekstraksi suatu asam nukleat (RNA). Berikut ini beberapa metode yang digunakan pada alat autopure nucleic acid, yaitu:

Sentrifugasi Gradien Kepadatan Cesium Klorida atau Etidium Bromida

ilustrasi gambar sentrifugasi gradien

Sejak tahun 1950, sentrifugasi gradien densitas menggunakan cesium klorida (CsCl) atau ethidium bromide (EtBr) telah digunakan sebagai metode ekstraksi DNA dan telah menjadi standar di laboratorium penelitian . Prinsip dasar dari metode ini adalah menggunakan perbedaan densitas antara ion cesium dan air yang interkalasi dengan ethidium bromide (EtBr), menunjukkan hasil yang baik untuk pemisahan berbagai DNA / RNA dan pengadaan DNA dengan hasil yang tinggi.

Misalnya, setiap DNA / RNA dapat dipisahkan sebagai pita independen sebagai akibat dari perbedaan densitas masing – masing dalam gradien oleh interkalasi ethidium bromide (EtBr). Namun, ia memiliki keterbatasan penting karena memerlukan ultrasentrifugasi yang mahal dan waktu yang cukup lama, sulit untuk dilakukan, dan EtBr berbahaya. Akibatnya, metode ini tidak cocok untuk mikrobiologi klinis dan belum digunakan di laboratorium klinis.

Ekstraksi Fenol Kloroform

ilustrasi gambar ekstraksi fenol kloroform

Ekstraksi fenol kloroform sudah banyak digunakan. Prosesnya terdiri dari pencampuran kuat larutan fenol kloroform dan sampel di ikuti dengan proses sentrifugasi. Fenol tidak sepenuhnya menghambat aktivitas RNase, dan karakteristik ini memungkinkan isolasi asam nukleat dengan kombinasi pada kloroform dan alkohol. Setelah sentrifugasi, fase atas (air) yang mengandung DNA dapat dipisahkan dari fase (organik) bawah yang mengandung protein terdenaturasi, dan DNA dapat diendapkan dengan menambahkan etanol atau isopropanol pada konsentrasi garam yang tinggi.

Setelah dicuci dengan etanol 70% untuk menghilangkan sisa etanol atau isopropanol, DNA target akhir di kumpulkan dengan melarutkannya dalam larutan buffer TE atau air suling steril. Metode ini juga digunakan untuk ekstraksi RNA dengan menggunakan guanidinium isothiocyanate secara bersamaan. Kombinasi ini dapat mengatasi keterbatasan ekstraksi RNA menggunakan guanidinium isothiocyanate itu sendiri, sehingga RNA dapat diisolasi dengan mudah menggunakan teknik satu langkah oleh Chomczynski.

Total RNA diperoleh kembali dengan pengendapan dengan isopropanol setelah pemisahan fase atas yang mengandung RNA total dari fase bawah yang mengandung DNA dan protein. Meskipun metode fenol-kloroform relatif mudah dibandingkan dengan CsCl atau EtBr dan sangat berguna untuk ekstraksi asam nukleat, hal ini menimbulkan masalah bagi laboratorium mikrobiologi klinis karena fenol memiliki keterbatasan penting karena bersifat toksik, kaustik, dan mudah terbakar.

Ekstraksi Fase Padat

ilustrasi gambar ekstraksi fase padat

Metode ekstraksi DNA baru yang melibatkan ekstraksi fase padat pertama kali diciptakan oleh McCormick dkk. pada tahun 1989. Mereka menggunakan partikel inti silika yang tidak larut daripada fenol cair. Fungsi partikel inti silika ini mirip dengan fenol, tetapi memiliki beberapa keunggulan yaitu lebih aman, dan kontaminasi silang dapat dikurangi.

Telah diketahui bahwa pengendapan dalam metode fenol atau kloroform menyebabkan hilangnya DNA. Metode ini juga dapat menguranginya dengan mengganti tahap pengendapan dengan partikel silika. Ekstraksi asam nukleat fase padat dimasukkan ke dalam banyak kit komersial, dan masih merupakan dasar dari banyak metode ekstraksi meskipun partikel inti silika telah digantikan oleh bahan lain seperti matriks silika, partikel kaca, tanah diatom, dan pembawa pertukaran anion.

Metode Manik Magnetik

ilustrasi metode manik magnetik

Ada modifikasi lain yang penting dari ekstraksi fase padat, yaitu metode manik magnetik. Manik – manik memiliki muatan permukaan negatif dan mengikat protein secara selektif. Jadi, DNA dapat diisolasi dengan mudah dari spesimen dengan menghilangkan protein dan puing – puing pada manik – manik. Ini memiliki keuntungan potensial menghilangkan kebutuhan untuk sentrifugasi berulang, filtrasi vakum, dan pemisahan kolom untuk pencucian dan elusi serta pelarut organic .

Metode manik – manik magnetik sangat sederhana dan nyaman, begitu banyak kit komersial yang tersedia untuk metode ini. Beberapa produsen menggabungkan teknik ekstraksi fase padat menggunakan silika dan manik-manik magnetik, yang memenuhi permintaan pelanggan akan efektivitas dan efisiensi waktu dan tenaga kerja. Metode ini umumnya digunakan dalam metode ekstraksi otomatis seperti miniMag (bioMerieux) dan MagNA Pure (Roche).

Dalam hal teknologi baru, kit komersial tambahan yang menggunakan teknik baru ini diluncurkan ke pasar. Metode enzimatik adalah contoh dari metode ekstraksi baru ini. Metode baru ini membantu peneliti dengan memberikan keuntungan lebih banyak kemudahan, persyaratan hanya volume kecil spesimen, dan peningkatan pemulihan DNA.

Langkah – Langkah Dasar Untuk Mengekstraksi RNA

Ada beberapa langkah dasar yang biasa dilakukan dalam mengekstraksi RNA menggunakan alat autopure nucleic acid purifications system meliputi; lisis, pengendapan, dan pemurnian. Berikut penjelasannya :

Lisis

ilustrasi gambar proses lisis

Pada langkah ini, sel dan nukleus dipecah untuk melepaskan RNA di dalamnya dan ada dua cara untuk melakukannya. Pertama, gangguan mekanis membuka sel. Ini dapat dilakukan dengan homogenizer jaringan (seperti blender kecil), dengan lumpang dan alu, atau dengan memotong jaringan menjadi potongan-potongan kecil.

Gangguan mekanis sangat penting ketika menggunakan sel tumbuhan karena mereka memiliki dinding sel yang kuat. Kedua, lisis menggunakan deterjen dan enzim seperti Proteinase K untuk membebaskan RNA dan melarutkan protein seluler.

Pengendapan

Ketika anda menyelesaikan langkah lisis, RNA telah dibebaskan dari nukleus, tetapi sekarang dicampur dengan bagian – bagian sel yang dihaluskan. Air hujan dapat memisahkan RNA dari puing – puing seluler ini. Pertama, ion Na+ (natrium) menetralkan muatan negatif pada molekul RNA, yang membuatnya lebih stabil dan kurang larut dalam air. Selanjutnya, alkohol (seperti etanol atau isopropanol) ditambahkan dan menyebabkan RNA mengendap dari larutan berair karena tidak larut dalam alkohol.

Pemurnian RNA

ilustrasi gambar pemurnian RNA

Sekarang RNA telah dipisahkan dari fase air, RNA dapat dibilas dengan alkohol untuk menghilangkan sisa bahan yang tidak diinginkan dan puing-puing seluler. Pada titik ini RNA yang dimurnikan biasanya dilarutkan kembali dalam air untuk memudahkan penanganan dan penyimpanan.

Konsep Dasar Pada Alat Autopure Nucleic Acid

Kualitas dan integritas RNA (asam nukleat) yang diekstraksi secara langsung dapat mempengaruhi semua eksperimen selanjutnya. Proses analisis akan bervariasi tergantung pada jenis sampel awal dan target yang dituju. Berikut ini beberapa konsep dasar yang digunakan pada alat autopure nucleic acid dalam mengekstraksi RNA (Asam Nukleat), yaitu:

  • Gangguan efektif dari matriks biologis (sel, jaringan, lingkungan atau sampel biologis) untuk melepaskan asam nukleat.
  • Denaturasi protein struktural yang terkait dengan asam nukleat (nukleoprotein).
  • Inaktivasi nuklease yang akan mendegradasi produk yang diisolasi (RNase dan DNase).
  • Hilangnya kontaminansi seperti (protein, karbohidrat, lipid, elemen biologis atau lingkungan, asam nukleat yang tidak diinginkan, puing-puing seluler lainnya).

Bagian Bagian Pada Alat Autopure Nucleic Acid

Ilustrasi gambar bagian autopure nucleic acid

Di dalam alat autopure nucleid acid purifications system terdapat beberapa bagian seperti. Bagian tersebut merupakan komponen pelengkap dari alat autopure nucleic acid purifications system dalam proses kerjanya.

UV Lamp

ilustrasi gambar UV lamp

Magnetic Rod

ilustrasi gambar magnetic rod

Heating Block

ilustrasi heating block

Cooling Block

ilustrasi cooling block

Well Plate Sample

ilustrasi wellplate sample

Plate Elution Buffer

ilustrasi plate elution buffer

 

Well Plate Washing Buffer

ilustrasi washing buffer

Plate Magnetic Bead

ilustrasi gambar magnetic bead

Cara Menggunakan Alat Autopure Nucleic Acid

Selain mengetahui alatnya secara spesifik, anda juga harus mengetahui dan memahami cara penggunaan dari alat autopure nucleic acid. Hal ini untuk mencegah terjadinya kerusakan saat digunakan. Berikut ini cara menggunakan alat autopure  nucleic acid, yaitu:

Pengaturan Awal

  1. Sambungkan kabel daya ke instrumen. Pastikan tombol OFF berfungsi sebelum plugin.
  2. Lepaskan blok pemasangan di dalam instrumen.
  3. Gunakan kepala obeng untuk melepaskan sekrup merah.
  4. Angkat rangka pilar manetic dan lepaskan blok pemasangan.
  5. Tempatkan blok pemasangan di tempat sensor blok pemasangan di bagian belakang instrumen.

Ekstraksi RNA

ilustrasi gambar ekstrasi RNA

  1. Nyalakan sakelar daya, tunggu hingga panel sentuh AKTIF dan menampilkan “INITIALIZING”. Sistem akan melakukan proses self testing.
  2. Buka pintu pada main unit dan tempatkan pelat reagen ke dalam instrumen.
  3. Masukkan frame plate ke bingkai.
  4. Tarik tuas ke depan untuk menaikkan modul pengontrol suhu.
  5. Pilih opsi. Dalam hal ini pilih nomor “1”. Tekan start butrron untuk menjalankan proses.
  6. Waktu proses awal dan waktu proses yang tersisa akan ditampilkan di layar. Anda harus menunggu sampai selesai.
  7. Setelah proses ekstraksi selesai, buka pintu dan dorong tuas untuk menggerakkan pelat.
  8. Lepaskan frame plate sebelum menutup pintu instrument.
  9. Kumpulkan produk yang diekstraksi. Letakkan di kolom dan masukkan ke dalam tabung bebas nuklease lalu matikan instrumen.

Kendala Yang Sering Terjadi Pada Alat Autopure Nucleic Acid

Dalam menggunakan alat autopure nucleic acid, sering terjadi beberapa kendala atau gangguan. Berikut beberapa kendala atau gangguan dengan penyebab dan solusinya dalam menyelesaikannya, yaitu:

Kendala Penyebab Solusi
Tidak ada tampilan pada layar setelah dinyalakan
  • Daya tidak tersambung
  • Saklar rusak
  • Ganti saklar
  • Ganti sekring (5X20 250V 8A)
Tidak ada sinar UV Lampu tabung rusak
  • Ganti tabung lampu
  • Hubungi distributor tempat membeli alat

Tidak bisa berhenti

secara otomatis setelah

membuka penutup

Adanya kegagalan sensor Hubungi distributor alat
Adanya perbedaan besar antara aktual dan tampilan

suhu

Adanya kegagalan sensor Hubungi distributor alat
Instrument tidak bisa beroperasi
  • Kegagalan pengontrol
  • Kerusakan pada motor main unit
Hubungi distributor alat
Suara tidak normal selama

bekerja

  • Rel pemandu terpasang salah / tidak benar
  • Kerusakan motor main unit
  • Sabuk bagian sinkron mengalami abrasi

 

  • Pasang rel pemandu dengan benar
  • Hubungi distributor alat
Tombol tidak berfungsi Kerusakan tombol pada alat
  • Ganti tombol dengan yang baru
  • Hubungi distributor alat

Daftar Brand Alat Autopure Nucleic Acid

Ada beberapa brand yang memproduksi dan memasarkan alat autopure nucleic acid, berikut nama brand dan gambarnya.

ALLSHENG

Ilustrasi gambar brand allsheng

ABI

ilustrasi gambar brand ABI

BIOBASE

ilustrasi gambar brand BIOBASE

BIOCARE

Ilustrasi gambar brand BIOCARE

CREDO

ilustrasi brand CREDO

LABTRON

ilustrasi gambar brand LABTRON

MP BIO

Ilustrasi brand MP BIO

MRC

ilustrasi brand MRC

ROCHE

ilustrasi gambar brand ROCHE

Harga Autopure Nucleic Acid

Berbicara masalah harga autopure nucleic acid, alat ini tergolong cukup mahal sebagai alat laboratorium. Harga alat laboratorium ini berkisar 100 juta tergantung jenisnya, merk, spesifikasi dan tipe yang dibutuhkan.

Tempat Membeli Alat Autopure Nucleic Acid

Alat autopure nucleic acid ini bisa anda dapatkan di tempat penjualan alat-alat laboratorium, seperti PT. Andaru Analitika Sains. Sebagai konsultan alat laboratorium, PT. Andaru Analitika Sains  juga menjual alat general lab lainnya seperti analgesy meter, sieve shaker,  isolated organ bath, rotarod, mikropipet, centrifuge, BSC (Bio Safety Cabinet), Dissolution tester dan masih banyak lagi.

FAQ Seputar Alat Autopure Nucleic Acid Purification

Apa yang dimaksud dengan autopure nucleic acid ?

Autopure Nucleic Acid atau Autopure Nucleic Acid Purification System adalah intrument laboratorium yang melakukan pemurnian asam nukleat otomatis dengan mengekstraksi dan menganalisis DNA dan RNA. Suatu alat Autopure Nucleic Acid Purification System ini juga merupakan salah satu teknologi untuk ekstraksi dan pemurnian asam nukleat yang termasuk sistem berbasis magnetik dan pemurnian spin-column untuk memastikan pemulihan dan kemurnian asam nukleat yang cepat dan konsisten sekaligus mengurangi kesalahan pada proses standarisasi.

Siapa yang pertama kali menemukan autopure nucleic acid? Dan tahun berapa pertama kali alat autopure nucleic acid diciptakan?

Metode ekstraksi asam nukleat (RNA) adalah kunci utama untuk biologi molekuler dan sering digunakan banyak aplikasi baik dalam ilmu kedokteran maupun biologi. Asam nukleat pertama kali diekstraksi pada tahun 1869 oleh Friedrich Miescher, ketika dia mempelajari sifat kimia inti sel darah putih. Pada tahun 1953, Rosalind Franklin, James Watson, dan Francis Crick menentukan struktur asam deoksiribonukleat (DNA), memenangkan James Watson, Francis Crick, dan Maurice Wilkins (bos Rosalind Franklin dalam bidang kedokteran pada tahun 1962.

Apa yang dimaksud asam nukleat?

Asam nukleat atau nucleic acid adalah biopolimer atau biomolekul besar yang sangat penting untuk semua bentuk kehidupan secara universal. Asam nukleat terdiri dari nukleotida, yang merupakan monomer yang terbuat dari tiga komponen yaitu gula 5-karbon, gugus fosfat, dan basa nitrogen.

Bagaimana fungsi dari asam nukleat?

Asam nukleat atau nucleic acid merupakan senyawa kimia alami yang berfungsi sebagai molekul pembawa informasi utama dalam sel dan membentuk materi genetik. Asam nukleat ditemukan berlimpah di semua makhluk hidup, kemudia mereka akan membuat, mengkodekan, dan menyimpan informasi dari setiap sel hidup.

Selain itu, asam nukleat juga berfungsi untuk mengirimkan dan mengekspresikan informasi itu di dalam dan di luar inti sel ke operasi interior sel sampai akhirnya ke generasi berikutnya dari setiap organisme hidup. Informasi yang dikodekan terkandung dan disampaikan melalui urutan asam nukleat, yang menyediakan urutan ‘tangga-langkah’ nukleotida dalam molekul RNA dan DNA. Mereka memainkan peran yang sangat penting dalam mengarahkan sintesis protein.

Apa fungsi dari alat autopure nucleic acid?

alat autopure nucleic acid purifications system digunakan untuk mengesktraksi RNA dengan cara memurnikan asam nukleat yang menjadi sampel utama. Selain itu, instrument ini juga digunakan Digunakan sebagai alat konstruksi dari sampel biologis database yang membutuhkan banyaknya jumlah genom DNA. Alat ini juga bisa digunakan digunakan untuk penelitian spesifik pada fungsi gen hewan dan tumbuhan.

Bagaimana prinsip kerja dari alat autopure nucleic acid?

Prinsip dari alat autopure nucleic acid didasarkan pada adsorpsi panas pada membrane / manik – manik silika, kromatografi pertukaran anion, sedimentasi atau presipitasi, dan penggunaan partikel magnetik. Metode ini menghasilkan sampel asam nukleat awal dengan kemurnian dan konsentrasi yang berbeda tergantung pada sampel asli (bakteri, virus, jaringan). Karena ekstraksi asam nukleat adalah titik awal dalam beragam aplikasi hilir, kualitas asam nukleat yang tinggi dalam sampel awal merupakan faktor kunci keberhasilan langkah analisis selanjutnya.

Dengan demikian, ekstraksi asam nukleat dapat didefinisikan sebagai serangkaian langkah untuk mendapatkan sampel atau bahan asam nukleat dengan kemurnian tertentu yang bebas dari pengotor dan cocok untuk langkah aplikasi hilir yang berbeda. Nantinya, instrument ini akan menghancurkan selubung sel dan mencapai eliminasi maksimum lipid dan protein untuk mendapatkan DNA dan/atau RNA murni.

Konsep dasar apa saja yang digunakan pada alat autopure nucleic acid ?

  • Gangguan efektif dari matriks biologis (sel, jaringan, lingkungan atau sampel biologis) untuk melepaskan asam nukleat.
  • Denaturasi protein struktural yang terkait dengan asam nukleat (nukleoprotein).
  • Inaktivasi nuklease yang akan mendegradasi produk yang diisolasi (RNase dan DNase).
  • Hilangnya kontaminansi seperti (protein, karbohidrat, lipid, elemen biologis atau lingkungan, asam nukleat yang tidak diinginkan, puing-puing seluler lainnya).

Bagaimana peran alat autopure nucleic acid dalam bidang klinis?

Selain digunakan dalam bidang biologi, alat autopure nucleic acid juga memiliki peran penting pada bidang klinis.  Ekstraksi asam nukleat yang dilakukan pada bidang klinis sangat berbeda dari ekstraksi isolat bakteri atau jamur. Langkah ekstraksi ini dapat mempengaruhi kinerja tes diagnostik selanjutnya, efisiensi ekstraksi asam nukleat berhubungan langsung dengan sensitivitas hasil tes akhir.

Setiap spesimen klinis memiliki karakteristik yang berbeda  beda. Seperti sampel darah dan tinja terdiri dari banyak zat, dan di antaranya terdapat heme dan empedu yang bertindak sebagai penghambat amplifikasi dan harus dibuang. Anda dapat menemukan hasil perbandingan untuk ekstraksi asam nukleat. Namun, ini tidak dapat memastikan bahwa anda dapat mengadaptasi hasil ini ke spesimen dan patogen yang berbeda.

Untuk mengatasi keterbatasan ini, metode ekstraksi harus dievaluasi sebelum pengujian rutin patogen spesifik dari spesimen spesifik. Untuk mendeteksi virus yang penting secara klinis, efisiensi ekstraksi dievaluasi dalam berbagai spesimen, termasuk serum, urin, dan cairan serebrospinal, dan kinerja yang baik telah dikonfirmasi. Namun, anda tidak boleh memperkirakan hasil spesifik ini untuk semua jenis virus dan spesimen lainnya.

Bagaimana prinsip dasar dari metode Sentrifugasi Gradien Kepadatan Cesium Klorida atau Etidium Bromida?

Prinsip dasar dari metode ini adalah menggunakan perbedaan densitas antara ion cesium dan air yang interkalasi dengan ethidium bromide (EtBr), menunjukkan hasil yang baik untuk pemisahan berbagai DNA / RNA dan pengadaan DNA dengan hasil yang tinggi.

Misalnya, setiap DNA / RNA dapat dipisahkan sebagai pita independen sebagai akibat dari perbedaan densitas masing – masing dalam gradien oleh interkalasi ethidium bromide (EtBr). Namun, ia memiliki keterbatasan penting karena memerlukan ultrasentrifugasi yang mahal dan waktu yang cukup lama, sulit untuk dilakukan, dan EtBr berbahaya. Akibatnya, metode ini tidak cocok untuk mikrobiologi klinis dan belum digunakan di laboratorium klinis.

Seperti apa metode manik magnetik pada proses ekstraksi RNA ?

Ada modifikasi lain yang penting dari ekstraksi fase padat, yaitu metode manik magnetik. Manik – manik memiliki muatan permukaan negatif dan mengikat protein secara selektif. Jadi, DNA dapat diisolasi dengan mudah dari spesimen dengan menghilangkan protein dan puing – puing pada manik – manik. Ini memiliki keuntungan potensial menghilangkan kebutuhan untuk sentrifugasi berulang, filtrasi vakum, dan pemisahan kolom untuk pencucian dan elusi serta pelarut organik .

Metode manik – manik magnetik sangat sederhana dan nyaman, begitu banyak kit komersial yang tersedia untuk metode ini. Beberapa produsen menggabungkan teknik ekstraksi fase padat menggunakan silika dan manik-manik magnetik, yang memenuhi permintaan pelanggan akan efektivitas dan efisiensi waktu dan tenaga kerja. Metode ini umumnya digunakan dalam metode ekstraksi otomatis seperti miniMag (bioMerieux) dan MagNA Pure (Roche).

Dalam hal teknologi baru, kit komersial tambahan yang menggunakan teknik baru ini diluncurkan ke pasar. Metode enzimatik adalah contoh dari metode ekstraksi baru ini. Metode baru ini membantu peneliti dengan memberikan keuntungan lebih banyak kemudahan, persyaratan hanya volume kecil spesimen, dan peningkatan pemulihan DNA.

Langkah langkah apa saja yang dilakukan dalam ekstraksi RNA menggunakan alat autopure nucleic acid?

  1. Nyalakan sakelar daya, tunggu hingga panel sentuh AKTIF dan menampilkan “INITIALIZING”. Sistem akan melakukan proses self testing.
  2. Buka pintu pada main unit dan tempatkan pelat reagen ke dalam instrumen.
  3. Masukkan frame plate ke bingkai.
  4. Tarik tuas ke depan untuk menaikkan modul pengontrol suhu.
  5. Pilih opsi. Dalam hal ini pilih nomor “1”. Tekan start butrron untuk menjalankan proses.
  6. Waktu proses awal dan waktu proses yang tersisa akan ditampilkan di layar. Anda harus menunggu sampai selesai.
  7. Setelah proses ekstraksi selesai, buka pintu dan dorong tuas untuk menggerakkan pelat.
  8. Lepaskan frame plate sebelum menutup pintu instrument.
  9. Kumpulkan produk yang diekstraksi. Letakkan di kolom dan masukkan ke dalam tabung bebas nuklease lalu matikan instrumen.

Bagaimana terjadi proses pengendapan dalam ekstraksi RNA?

Ketika anda menyelesaikan langkah lisis, RNA telah dibebaskan dari nukleus, tetapi sekarang dicampur dengan bagian – bagian sel yang dihaluskan. Air hujan dapat memisahkan RNA dari puing – puing seluler ini. Pertama, ion Na+ (natrium) menetralkan muatan negatif pada molekul RNA, yang membuatnya lebih stabil dan kurang larut dalam air. Selanjutnya, alkohol (seperti etanol atau isopropanol) ditambahkan dan menyebabkan RNA mengendap dari larutan berair karena tidak larut dalam alkohol.

Bagaimakah metode ekstrasi fenol kloroform yang digunakan pada alat autopure nucleic acid ?

Ekstraksi fenol kloroform sudah banyak digunakan. Prosesnya terdiri dari pencampuran kuat larutan fenol kloroform dan sampel diikuti dengan proses sentrifugasi. Fenol tidak sepenuhnya menghambat aktivitas RNase, dan karakteristik ini memungkinkan isolasi asam nukleat dengan kombinasi pada kloroform dan alkohol. Setelah sentrifugasi, fase atas (air) yang mengandung DNA dapat dipisahkan dari fase (organik) bawah yang mengandung protein terdenaturasi, dan DNA dapat diendapkan dengan menambahkan etanol atau isopropanol pada konsentrasi garam yang tinggi.

Setelah dicuci dengan etanol 70% untuk menghilangkan sisa etanol atau isopropanol, DNA target akhir di kumpulkan dengan melarutkannya dalam larutan buffer TE atau air suling steril. Metode ini juga digunakan untuk ekstraksi RNA dengan menggunakan guanidinium isothiocyanate secara bersamaan. Kombinasi ini dapat mengatasi keterbatasan ekstraksi RNA menggunakan guanidinium isothiocyanate itu sendiri, sehingga RNA dapat diisolasi dengan mudah menggunakan teknik satu langkah oleh Chomczynski.

Total RNA diperoleh kembali dengan pengendapan dengan isopropanol setelah pemisahan fase atas yang mengandung RNA total dari fase bawah yang mengandung DNA dan protein. Meskipun metode fenol-kloroform relatif mudah dibandingkan dengan CsCl atau EtBr dan sangat berguna untuk ekstraksi asam nukleat, hal ini menimbulkan masalah bagi laboratorium mikrobiologi klinis karena fenol memiliki keterbatasan penting karena bersifat toksik, kaustik, dan mudah terbakar.

Berapakah harga alat autopure nucleic acid ?

Harga alat laboratorium ini berkisar 100 juta tergantung jenisnya, merk, spesifikasi dan tipe yang dibutuhkan.

Sebagai informasi tambahan, PT. Andaru Analitika Sains adalah konsultan alat laboratorium yang menyediakan solusi lengkap kebutuhan alat laboratorium. Bagi anda yang membutuhkan alat laboratorium bisa mengunjungi alamat googlemaps, menghubungi kami via whatsapp 087777277740 atau telepon 0251-7504679. Link brand dan produk alat laboratorium tersedia pada tautan : List Brand Alat Laboratoriumjual-alat-laboratorium-kontak-whatsapp-apm

Penulis : FR

Sumber : ncbi, biology dictionary

Baik, kalau begitu sekian dulu pembahasan mengenai “Autopure Nucleic Acid – Pengertian dan Fungsi Autopure Nucleic Acid“. Semoga informasi ini bermanfaat. Jika diantara sobat ada yang memiliki saran, silahkan isi di kolom komentar ya.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *